Die Symptome einer Zöliakie oder einer nicht-zöliakischen Glutenüberempfindlichkeit sind nicht nur Beschwerden, die vom Magen-Darm-Trakt ausgehen. Auch das menschliche neurologische System weist Symptome auf, die mit einer Glutenunverträglichkeit oder Glutenüberempfindlichkeit in Verbindung gebracht werden können. Allerdings sind diese Assoziationen, obwohl sie bei Patienten beobachtet werden, nicht die Regel und müssen durch weitere Untersuchungen verifiziert werden, aber bei einigen Patienten stellt die Einführung einer glutenfreien Ernährung eine Verbesserung des Zustands dar.